Свое название район получил от давно несуществующей речки Фильки, впадавшей когда-то в Москву-реку и окаймлявшей голубой лентой большую часть Филевского парка. В устье речушки находилось сельцо Фили, впервые упомянутое в летописях в 1454 году.
Впервые упоминание о Филях встречается в 1627 г. Принадлежало село боярину Мстиславскому, а затем его сестре Ирине. Судя по описанию 1627 года, это было достаточно обширное и богатое владение. В самом селе стояла деревянная церковь Покрова Богородицы с приделом Зачатия св. Анны. Вблизи церкви находился боярский двор.
В самом селе имелось 9 крестьянских дворов и три двора «задворных людей». После смерти Мстиславской Фили перешло во владение двора. Во времена Алексея Михайловича здешние окрестности славились обилием птиц и зверей. Царь совершал сюда охотничьи походы. Весной и летом охотились на птиц с соколами, осенью и зимой – на волков и медведей с собаками и рогатинами.
В 1689 г. село перешло во владение Льву Кирилловичу Нарышкину, родному брату царицы Натальи Кирилловны. В селе насчитывалось 17 крестьянских дворов. При селе числилось три деревни: Гусарево с 3 дворами, Ипское с 3 жилыми дворами и одним пустым и Мазилово с 12 дворами. В апреле 1690 г. Нарышкин прикупает к Филям соседнее Кунцево и начинает обустройство своей вотчины. Устройство хозяйства боярин начал с постройки новой каменной церкви и хором.
Церковь Покрова Богородицы в Филях входит в число известнейших памятников отечественной архитектуры. Сегодня церковь Покрова в Филях внесена ЮНЕСКО в перечень «Сокровищ мира». Строительство церкви было начато в 1690 г. и завершено в 1693 г. На ее сооружение Нарышкин неоднократно получал деньги из казны. Петр I пожертвовал на строительство сумму в 400 червонцев и предоставил мастеров из Приказа каменных дел и Оружейной палаты. В знак близости Нарышкина к царскому дому центральная и западная главы храма были украшены короной и двуглавым орлом.
Церковь построена на вершине небольшого холма. Необычайной пышностью отличалось и внутреннее убранство храма. Позднее Нарышкин разбил возле храма регулярный парк с разнообразными газонами – овальными, квадратными, четырехлепестковыми, повторяющими форму плана самой церкви. В парке были устроены каскадные пруды, спускавшиеся к Москве-реке.
Вид с высоты на район Филёвский парк.
Крестьянское население села Фили Нарышкин перевел на большую Можайскую дорогу, приблизительно в 1,5 километрах от церкви, и основал там новую деревню Фили, в которой в 1704 году числилось 22 двора и 99 крестьян. Под названием же села Фили стали понимать боярскую усадьбу, где жили только одни дворовые люди.
7 июня 1763 года во время своей коронации село посетила Екатерина I, оказывая свое высочайшее и всемилостивейшее Благоволение ко Льву Александровичу и Александру Александровичу Нарышкиным. Около деревни Фили были устроены учения армейских полков.
В 1812 году в Филях прошел знаменитый совет, решивший судьбу Москвы. Вечером 1 сентября Кутузов созвал совет в избе крестьянина Фролова. На том совете прозвучали знаменитые слова Кутузова: «С потерей Москвы не потеряна Россия! Первой обязанностью постановляю сохранить армию и сблизиться с войсками, идущими к нам в подкрепление. Самим уступлением Москвы приготовили мы гибель неприятелю. Из Москвы я намерен идти по Рязанской дороге. Знаю, ответственность обрушится на меня, но жертвую собой для Блага Отечества!»
Во время пребывания наполеоновских войск часть деревни Фили сгорела. Французы стояли в селе, в нижнем этаже церкви держали лошадей, а верхний превратили в швальню. После войны храм отремонтировали, а сгоревшая часть деревни была заново отстроена.
В конце XIX века деревня уже вплотную примыкала к Москве. Большинство населения занималось огородничеством и садоводством, ориентированным на сбыт в городе. В Филях находилась большая красильно-набивная фабрика купца Сергея Дмитриевича Кузьмичева с 589 рабочими.
В 1870 г. через Фили прошла Московско-Брестская железная дорога и появилась железнодорожная станция, которая стоит как бы на границе между старым селом Покровским-Фили и деревней Фили. По данным переписи 1926 года, в деревне значилось 396 хозяйств и жило 1342 человека. В начале 20-х годов на северо-западной окраине Филей были построены авиационные мастерские по сборке самолетов германской фирмы «Юнкерс». На их базе в 30-х годах был создан большой авиационный завод, который позднее перепрофилирован на выпуск ракет и космических объектов.
В 1935 году Фили вошли в состав Москвы и стали крупным промышленным районом. Здесь расположен Западный речной порт, железнодорожная станция, автобусно-троллейбусный парк, завод им. Хруничева, комбинат железобетонных изделий, телевизионный завод «Рубин», крупный хладокомбинат, трубный завод.
Особой достопримечательностью района является Филевский парк культуры и отдыха. Это уникальный, природный, историко-культурный комплекс, живой памятник садово-паркового искусства XVII — XIX веков. Площадь парка в существующих границах – 280 га, протяженность вдоль Москвы-реки – 5 километров.
Площадь территории района – 784 га, численность населения – свыше 59 тысяч жителей.
В районе три станции метрополитена: Фили, Багратионовская и Филёвский парк.